1964年款Comet进行了重新设计，造型更为方正，但仍在1963年款的同一单体式车身上制造。其基本线条与新款Falcon共享，但前格栅采用了与Lincoln Continental相似的风格。伴随着重新设计，车型命名也发生了变化。性能版本被称为Cyclone，取代了之前的S-22。然后按装饰级别降序排列依次是Caliente、404和202，取代了之前的Custom和基础型号。双门旅行车车身样式被取消。顶级旅行车继续被称为Villager。144立方英寸直列六缸发动机被弃用，170立方英寸发动机成为基础动力。260立方英寸V8发动机在生产初期提供，而新的289立方英寸发动机则在年中开始提供。由于1963年中推出的全尺寸Ford和Mercury'快背式'车顶线条大获成功，Falcon和Comet的双门硬顶车型也采用了类似的、棱角更分明的车顶线条。
1964年，Ford生产了大约50辆超高性能、轻量化的Comet Cyclone，配备了他们用于赛车的双化油器427发动机，与相关的Ford Thunderbolt类似。为了避免相互竞争，Thunderbolt使用7英寸（180毫米）轮胎参加Super Stock组别比赛，而Cyclone则经过改装，使用10英寸（250毫米）轮胎参加A/FX组别，并在该组别中取得了与Thunderbolt在Super Stock组别中同样统治性的地位。车手包括Ronnie Sox、Don Nicholson和Wild Bill Shrewsberry，他们与Jack Chrisman合作。Shrewsberry至今仍保留着他最初那辆以Caliente规格打造的427 Comet。[需要引用]
1965年，Comet的前后造型进行了更新（包括堆叠式大灯，与同期全尺寸Ford、Pontiac和Cadillac将采用的风格类似）。基础六缸发动机的排量从170立方英寸增加到200立方英寸（2.8升至3.3升）；仍使用单腔化油器，在4400转/分时可产生120马力（89千瓦）。基础V8发动机的排量从260立方英寸增加到289立方英寸（4.3升至4.7升），使用双腔化油器，在4400转/分时可产生200马力（150千瓦）。标准变速箱继续为安装在转向柱上的三速手动变速箱。可选自动变速箱改为'Merc-O-Matic'三速自动变速箱（本质上是Ford C4）。289立方英寸V8发动机提供三种马力调校：基础双腔化油器版200马力，四腔化油器版225马力（168千瓦），以及源自Ford Mustang的高性能版271马力（202千瓦），后者与四速手动变速箱配对。
