1969 年款的重新设计 "为车身增添了更多的厚重感"，车身长度增加了 3.8 英寸（97 毫米）（轴距保持在 108 英寸），宽度增加了近半英寸，Mustang 的 "重量也显著增加。" 1969 年是第一款在格栅开口内外均使用四头灯的车型。格栅内被围栏环绕的小马标志被小马和三道杠标志所取代，并偏置在驾驶员一侧。该车比之前的车型更长，并采用了凸面而非凹面的侧面板。快背式车身版本在福特的资料中被称为 SportsRoof。
1969 年款推出了 Mach 1，提供多种动力总成选项以及许多新的造型和性能特征。车身侧面饰有独特的反光条纹，配有弹出式加油口盖、双排气系统、带有模拟进气口的哑光黑色发动机盖，以及 NASCAR 风格的带销钉的系紧缆绳。它配备了钢制轮毂和带有白色字母的 Goodyear Polyglas 轮胎。功能性 "shaker" 发动机盖进气口——通过发动机盖上的一个孔直接连接到空气滤清器上，可见其振动——可供选择，还有尾翼和下巴扰流板以及后窗百叶式遮阳板。Mach 1 采用豪华内饰，配有仿木纹装饰、高靠背座椅、额外的隔音材料、遥控运动型后视镜等特征。Mach 1 在买家中大受欢迎，1969 年共售出 72,458 辆。
Boss 302 的诞生是为了满足 Trans Am 的规则要求，并具有独特的曲棍球杆状条纹，而低调的 Boss 429 则是为了将 Boss 429 发动机（基于新的福特 385 系列发动机）认证用于 NASCAR 比赛。这两款 Boss 车型在赛道和街道上都赢得了声誉。截至 1969 年，总共售出了 1,628 辆 Boss 302 和 859 辆 Boss 429——这使得这些车辆有些稀有。
从 1969 年开始，一款新的 "豪华" 车型上市，仅提供硬顶车身样式。'Grande' 的特点是行驶平顺，增加了 55 磅（24.9 公斤）的额外隔音材料，以及带有仿木纹装饰的豪华内饰。它在买家中很受欢迎，截至 1969 年共售出 22,182 辆。
在其他特别版车型中，1969 年 Mustang E 是为那些追求高燃油效率的人提供的。1969 年限量版 Mustang E 是一款稀有的（大约生产了 50 辆）为经济性设计的快背式特别版车型。它配备了一台六缸发动机（250 立方英寸（4.1 升）），标准自动变速箱配备了高失速扭矩转换器，以及较低的 2.33:1 后桥传动比。后侧围板上的 Mustang E 字样标识了这款特殊的 Mustang E。'E' 车型不提供空调。
Mustang GT 于 1969 年停产，原因是销量不佳，而新的 Mach 1 却大获成功，当年仅售出 5396 辆 GT 车型。
一台新的 250 立方英寸（4.1 升）Thriftpower I6 发动机，功率为 155 马力（116 千瓦；157 PS），填补了现有的 200 立方英寸（3.3 升）Thriftpower I6 和 V8 发动机阵容之间的空白。
尽管 1969 年继续提供许多与 1968 年款相同的基本 V8 发动机，特别是一款经过修订的 302 立方英寸（4.9 升）小缸体发动机，功率为 220 马力（164 千瓦；223 PS），320 马力（239 千瓦；324 PS）的 390 立方英寸（6.4 升）FE 发动机，以及最近推出的 428 立方英寸（7.0 升）Cobra Jet 发动机（带或不带 Ram-Air），标称功率为 335 马力（250 千瓦；340 PS），但为了保持 Mustang 的新鲜感和竞争力，引入了多种选装件和变化，包括一款新的性能 V8 发动机，可调校为 250 马力（186 千瓦；253 PS）或 290 马力（216 千瓦；294 PS），即 351 立方英寸（5.8 升）Windsor (351W) 发动机，这实际上是通过加长和修改 302 立方英寸（4.9 升）发动机的行程来实现的。
428 立方英寸（7.0 升）Cobra Jet 发动机在 1969 年和 1970 年款中保持不变，并继续标称为 335 马力（250 千瓦；340 PS）。如果在任何 Cobra Jet Mustang 上订购了 V 或 W 车桥（3.90 或 4.30 锁定传动比），则会增加发动机改进，使其在直线加速赛道上更可靠。包括发动机油冷却器（这使得空调无法作为选装件提供）、更坚固的曲轴和连杆、改进的发动机平衡，并命名为 'Super Cobra Jet'。这些改进后来被称为 'Drag Pack'。
1969 年 Shelby Mustang 归福特控制，尽管由福特内部制造，但其外观与常规生产的 Mustang 明显不同。定制造型包括一个玻璃纤维前端，带有组合式环形保险杠/格栅，使车辆总长度增加了 3 英寸（76 毫米），以及发动机盖上的五个进气口。提供两款车型，GT-350（配备 351 立方英寸（5.8 升）Windsor (351W) 发动机，功率为 290 马力（216 千瓦；294 PS））和 GT-500（配备 428 立方英寸（7.0 升）Cobra Jet 发动机），均提供 sportsroof 或敞篷版本。所有 1969–1970 年 Shelby Mustang 均在 1969 年生产。由于销量下降，剩余的 789 辆 1969 年款汽车被赋予了新的序列号，并登记为 1970 年款。它们的前扰流板经过修改，发动机盖进气口周围采用了黑色涂装处理。
1970 年款 Mustang 经过重新设计，减少了攻击性，因此回归了单头灯设计，头灯移至格栅开口内部，格栅两侧外部带有 '鳍片'。1969 年款的造型被认为导致了销量下降，这促使了 1970 年款对大灯进行了修改，并简化了其他外部造型方面。然而，最终 1969 年款的销量超过了 1970 年款。后翼子板上的进气口被移除，尾灯面板是平的，而不是像 1969 年款那样是凹的。内饰选项基本保持不变。
1970 年款中，之前的 351W V8 发动机选项被新的 351 立方英寸（5.8 升）Cleveland (351C) V8 发动机取代，提供 2V（2 喉化油器）或 4V（4 喉化油器）版本；然而，一些早期生产的 1970 年 Mustang 配备了 351W。351C 4V（M 代码）发动机具有 11.0:1 的压缩比，在 5400 转/分时可产生 300 制动马力（224 千瓦；304 PS）。这款新的性能发动机融合了从福特 385 系列发动机和 Boss 302 中学到的元素，特别是带有倾斜气门的多角度燃烧室和薄壁铸造技术。
福特在 1969 年底为其堪萨斯城地区销售办公室制造了 96 辆 'Mustang Twister Special' 汽车。Twister Special 是 Grabber Orange 色的 Mach 1，带有特殊贴花。福特还制造了几辆 'Sidewinder'，这些车在迪尔伯恩制造，运往奥马哈，并在爱荷华州和内布拉斯加州销售。它们提供 Grabber Green、Grabber Blue、Calypso Coral 和 Yellow 颜色。条纹放在行李箱中，由经销商安装。
