Honda S2000 (AP1) 于1999年推出，对应2000款车型，底盘代号为“AP1”。该车采用前中置发动机后轮驱动布局，动力由一台1,997 cc（122 cu in）直列四缸DOHC VTEC发动机提供。这台发动机（代号F20C）根据目标市场的不同，可输出177–184 kW（241–250 PS；237–247 hp）的功率和208–218 N⋅m（153–161 lbf⋅ft）的扭矩。发动机匹配六速手动变速箱和Torsen限滑差速器。S2000实现了Honda所声称的全球量产自然吸气汽车发动机的最高升功率。其最强大的版本——日本本土市场的F20C，凭借更高的11.7:1压缩比，额定功率达到184 kW（250 PS；247 hp），即每升92 kW（125 PS；123 hp）。
显著特点包括独立双叉臂悬架、电动助力转向和集成式防滚架。该车配备16英寸轮毂和Bridgestone Potenza S-02轮胎。紧凑轻量的发动机完全安装在前轴之后，使S2000实现了50:50的前后重量分布和更低的转动惯量。仪表盘设计类似于八十年代末至九十年代初的McLaren-Honda一级方程式赛车（MP4/5、MP4/6和MP4/7），以此致敬Honda发动机高转速和高输出的赛车血统。电动软顶（带内部布料衬里和塑料后窗）为标配，铝制硬顶可作为选装件（2001年起提供）。在美国国内市场，Honda最初为S2000提供Berlina Black、New Formula Red、Grand Prix White和Silverstone Metallic外观颜色。在其他一些市场，从一开始还可选择Monte Carlo Blue Pearl和Spa Yellow Pearl / Indy Yellow Pearl。
2001款车型基本未变；Honda在收音机显示屏上增加了数字时钟，并将后风挡导流板列为标配。Honda还为美国国内市场阵容增加了Spa Yellow外观颜色。对于2002款车型，悬架设置进行了调整，塑料后窗被带有电加热除雾功能的玻璃单元取代。其他更新包括略经修改的带镀铬环尾灯、升级的带独立高音扬声器的收音机、真皮包裹的换挡杆、仿皮中控台盖以及改进的发动机控制单元。Honda为美国国内市场阵容增加了Suzuka Blue Metallic和Sebring Silver Metallic外观颜色。
AP1于2003年在Honda的高根泽工厂停产，与NSX和Insight混合动力车并线生产。
Honda于2000年7月7日在日本本土市场发布了S2000 Type V。与标准车型相比，其显著变化包括可变齿轮比转向（VGS），这是一种根据车速和转向角持续改变转向比的转向系统，旨在提供更好的操控性以及在停车等低速狭窄情况下更舒适的机动性。这是首个应用于量产车的此类系统。方向盘从锁到锁的转向比减少到1.4圈（基础车型为2.4圈）。Honda为Type V车型配备了改进的减震器、稳定杆和限滑差速器，以“配合VGS”。配备该系统的车型带有特殊方向盘和车尾的VGS徽章。Type V于2007年Type S推出时停产。
为纪念S2000诞生20周年，Honda在2019年东京改装车展上揭幕了S2000 20周年纪念原型车。该原型车本质上是一款复刻改装车，基于AP1打造，采用了更新的外观、悬架和音响系统。Honda随后将原型车的部件开放购买，包括Modulo X前保险杠、运动悬架系统和后扩散器，以及其他S2000部件，旨在帮助车主保持车辆上路行驶。
