由于它比通常的1965年生产年份提前四个月推出，并与1964年Ford Falcon和1964年Mercury Comet同时生产，最早的Mustang被爱好者广泛称为“1964½”型号。然而，所有1964½款汽车在生产时都获得了1965年美国标准VIN码，并且——除了最早的宣传材料外——Ford将其作为1965款车型进行销售。低端硬顶车型使用与Falcon共享的“U-code”170立方英寸（2.8升）直列六缸发动机，以及三速手动变速箱，零售价为2,368美元（相当于2025年的24,582美元）。早期1965款Mustang的标准装备包括黑色前排安全带、手套箱灯和软垫仪表板。生产于1964年3月9日开始。Mustang序列号一号（来自预生产批次的5F08F100001）于1964年4月14日在加拿大纽芬兰圣约翰的George Parsons Ford经销商处售出。官方发布于4月17日在1964年世界博览会上进行。V8车型通过前翼子板上的徽章标识，该徽章在宽大的“V”字上方标出了发动机的立方英寸排量（“260”或“289”）。这个徽章与1964年Fairlane上的相同。
在1964年8月，即推出约四个月后，Mustang在“正常”1965款年份开始时进行了一些改动。这些汽车被称为“late 65's”。发动机阵容发生了变化，采用了一台200立方英寸（3.3升）“T-code”发动机，可产生120马力（89千瓦；122 PS）。Fairlane的“F-code”260立方英寸（4.3升）发动机在1964款年份结束后停产。它被一台新的200马力（150千瓦）“C-code”289立方英寸（4.7升）发动机取代，该发动机配备双腔化油器，作为基础V8。接下来是“A-code”225马力（168千瓦；228 PS）四腔化油器版本，然后是未改变的289 HiPo“K-code”，配备4腔Autolite 4100化油器，在6000转/分时额定功率为271马力（202千瓦；275 PS），在3400转/分时扭矩为312磅·英尺（423牛·米）。所有Ford车型上的直流发电机都被新的交流发电机取代（区分1964年生产和1965年生产的一种方法是检查仪表板上的交流发电机指示灯是读“GEN”还是“ALT”）。
Mustang GT版本作为“GT装备套件”推出，包括V8发动机（最常见的是225马力、168千瓦、228 PS的“289”）、格栅安装的雾灯、门槛条纹和盘式制动器。在内饰方面，GT选装件增加了不同的仪表板，包括五个圆形仪表的速度表、燃油表、冷却液温度表、机油压力表和电流表，但仪表上没有数字标记。四腔化油器发动机可与任何车身风格搭配使用。此外，倒车灯是1964年8月生产起为该车添加的选装件。
Mustang最初提供硬顶或敞篷车身风格，但在汽车早期设计阶段曾考虑过一款fastback车型。1965年，Shelby Mustang推出，仅提供新推出的fastback车身版本，其后窗玻璃向后倾斜，并具有独特的通风百叶窗。1965年，Ford生产了15,079辆配备GT装备组的Mustang。1966年，Ford生产了25,517辆GT。根据Jim Smart的生产指南，fastback应该是最常见的，其次是coupe，然后是敞篷车。
标准内饰提供多种颜色，功能包括可调节的驾驶员和乘客桶形座椅、AM收音机和地板安装的换挡杆。Ford在1965款年份期间增加了额外的内饰选装件。内饰装饰组通常被称为“Pony Interior”，因为座椅前部增加了压印的奔跑小马图案，并包括一体式扶手、木纹贴面装饰和一个圆形仪表组，该仪表组将取代标准的Falcon仪表。选装件包括遮阳板、（机械式）遥控后视镜、地板控制台和长椅座椅。Ford后来提供了仪表板下空调装置，并停止了仅在1965年早期车型上提供的带布料嵌件的乙烯基座椅面料。Rally-Pac于1963年在Ford于当年蒙特卡洛拉力赛取得成功后推出。Rally-Pac适用于其他Ford和Mercury紧凑型和中型车，由安装在转向柱上的组合时钟和转速表组成。它可作为工厂订购的选装件，价格为69.30美元。由经销商安装的Rally-Pac价格为75.95美元。14英寸车轮选装件适用于Rally-Pac和GT350R车辆，将前后轮距加宽至57.5英寸。指南针、后排安全带、空调和倒车灯也是可选的。
《Popular Mechanics》对车主进行的一项全国性调查包括许多关于腿部空间的投诉。基础V8的燃油经济性在当时表现良好，《Popular Mechanics》的一次测试显示，选装的260立方英寸发动机配合自动变速箱，在60英里/小时（97公里/小时）的稳定速度下达到了20.93 mpg‑US（11.24升/100公里；25.14 mpg‑imp）。当配备289“HiPo”发动机和4.11后桥速比时，1965款Mustang的0-60英里/小时（0-97公里/小时）加速时间为5.2秒，四分之一英里（402米）时间为14.0秒，尾速为100英里/小时（161公里/小时）。
1966款Mustang以适度的装饰变化亮相，包括新的格栅、侧面装饰、轮毂盖和油箱盖。Ford新的C4“Cruise-O-Matic”三速自动变速箱可用于225马力V8。289“HiPo”K-code发动机也提供C4变速箱，但其内部结构更强，可以通过伺服机构外壳上的“C”标记来识别。允许高转速289发动机获得高马力额定值的长持续时间实心凸轮轴升程器，与低失速速度自动变矩器不太匹配。“HiPo”可以通过1英寸厚（25毫米）的振动阻尼器（而225马力版本为1/2英寸）和双点分电器上没有真空提前装置来识别。拆下气门室盖后，可以看到气门弹簧之间冲压的大写字母“K”，以及用于可调摇臂的螺纹旋入式螺柱（而其他289发动机使用的是压入式螺柱）。许多新的油漆和内饰颜色选装件可用，还有AM/八轨磁带音响系统，以及最早的AM/FM单声道汽车收音机之一。1965款年份的汽车取消了Falcon仪表组，而之前可选的圆形仪表和软垫遮阳板成为标准装备。Mustang在1966年成为最畅销的敞篷车，售出72,119辆，以近2:1的优势击败了排名第二的Impala。
尽管设计相似，但1965款和1966款Mustang通过外观上的差异加以区分。这些差异包括车门后方后四分之一面板上的凹槽饰条。从1964年8月生产开始，饰条是一块垂直的镀铬件，而对于1966款车型，饰条高度较小，并且有三条水平条从设计向前延伸，类似于字母“E”。前部进气格栅和装饰也不同。1965款前格栅采用“蜂窝”图案，而1966款版本则是“开槽”风格。虽然两个年份的车型都在格栅上使用“Horse and Corral”徽章，但1965款的徽章从围栏两侧各延伸出四条条纹，而1966款则移除了这些条纹。在1966款年份期间，提供了一款“High Country Special”限量版，在科罗拉多州、怀俄明州和内布拉斯加州售出了333辆。
当Ford希望在德国推出Mustang时，他们发现Krupp公司已经为一款卡车注册了该名称。这家德国公司提出以10,000美元出售该权利。Ford拒绝了，并从出口车辆上移除了Mustang徽章，取而代之的是，在德国市场将这些汽车命名为T-5（一个Mustang预生产项目的名称），直到1979年Krupp版权到期。
1965年，Harry Ferguson Research购买了三辆Mustang硬顶车，并将其改装为4x4，试图向潜在客户推销他们的FF全轮驱动系统。类似的系统用于Ferguson P99一级方程式赛车，并后来出现在被认为是首款全轮驱动非全地形乘用车的Jensen FF中。与Jensen FF一样，全轮驱动Mustang还配备了后来被称为ABS的防抱死制动系统。Dunlop Maxaret系统是从其最初在飞机上的使用改装而来。
Ford Australia组织了1966款年份Mustang的进口和改装，将其改为右舵（RHD）以适应澳大利亚市场。这恰逢1966年新款XR Falcon的推出，该车被宣传为“Mustang血统的Falcon”。右舵Mustang被称为“Ford Australia Delivered Mustang”，并具有与XR Falcon类似的合规板，以将官方改装与小作坊版本区分开来。Ford Australia进口了约209辆——1965年进口并改装了48辆，1966年又准备了161辆。
