1964年，Lincoln Continental 进行了首次中期改款。除了造型更新，几项功能性改动主要集中在增加后排座椅空间上。轴距从123英寸增加到126英寸，使后排座椅位置后移。车顶线条也进行了几处修改，采用了平面侧窗玻璃（取代了曲面车窗玻璃）。为增加后排头部空间，后部车顶线条变得更加方正，呈现出一种阶梯背风格。
在外观上进行了小幅度的重新设计，为消除“电动剃须刀”般的外观，前格栅增加了垂直镀铬装饰；凹陷的后格栅被一个更简洁、带有装饰面板的后备箱盖所取代（将加油口盖移至左后翼子板）。内饰则完全重新设计，采用了横贯式仪表板、更新的内饰图案、门板及配件。
1964年，Lincoln 推出了 Continental Town Brougham 概念车，其轴距为131英寸，总长度为221.3英寸，并在前后舱之间设有可伸缩玻璃隔断，前舱上方为开放式区域，呈现出典型的1930年代风格 town car / brougham 外观。
1965年，Lincoln 对 Continental 进行了进一步的更新。在造型变化上，凸起的“电动剃须刀”式前脸被一个棱角更分明、带有直立式扁平格栅设计的钝形发动机盖所取代。作为重新设计的一部分，前转向灯和停车灯从保险杠移到了前翼子板的环绕式灯罩上，后部也采用了类似的停车灯/转向灯设计；所有四个车灯都增加了金属饰条，以匹配新格栅的水平线条。为提升制动能力，Continental 为前轮配备了 Kelsey-Hayes 盘式制动器；此外，带卷收器的前排安全带成为标准配置。
