改款后的第三代 Mark III Phase II（或 Typ 6N2；有时被爱好者称为 Mark IIIF 或 "Mark 5"）于1999年发布。掀背车型采用了更新的造型设计，包括新的前大灯和保险杠，以及基于 Lupo 设计的全新内饰。尽管该车在外观上与 Mark 3 相似（车身外壳经过全面镀锌和加固，但未完全重新设计，尽管部分面板有所改变），但 Volkswagen 声称70%的部件是新的。助力转向、防抱死制动系统和双安全气囊成为标配。轿车和旅行车版本采用了新内饰，但未进行完整的外观改款。此外，三缸1.4升 TDI 发动机被引入用于三门和五门掀背车型。
配置选项范围从助力转向、有色玻璃、可分割后座椅、电动车窗和杯架，到 ABS、空调、氙气前大灯和卫星导航。三十二款车型配备七种发动机，从1.4升柴油机到1.6升16气门 GTI，使得 Polo 的选择范围达到前所未有的广泛。基础车型是 Comfortline，提供不少于五种发动机选项，从1.0升50马力（37千瓦）到在 VW 系列中常见的1.9 TDI单元，产生90马力（66千瓦）。1.0升掀背车在制造质量和配置清单方面，与其他车型相比被认为价格低廉。随后是 Trendline 和 Highline 车型。发动机选项从60马力（44千瓦）到110马力（81千瓦）柴油机，它们提供了一系列通常在更运动型车型上才有的功能，但没有保险或运行成本的困扰。
Volkswagen 还推出了这款改款车型的 GTI 版本，配备了从6N进一步开发的1.6升16气门发动机，功率为92千瓦（125马力）。GTI 以其独特的带清洗器的氙气前大灯、蜂窝状格栅、降低10毫米的悬挂、更厚的前唇和原装15英寸 BBS 轮毂搭配更宽的195毫米轮胎而易于识别。
第三代 Mark III Polo 在英国市场与 Fiat Punto 和 Nissan Micra 等竞争对手相比销售良好。在发布时，就制造质量和"高端"感觉而言，它可以说是当时欧洲在售的最佳小型车，尽管其乘坐舒适性和操控性通常被认为不如 Ford Fiesta 或 Peugeot 206。1.4 TDI 被认为是该系列中最好的，因其可靠性、燃油消耗和相对动力，对于小排量发动机而言。
