新一代车型整体长度比其前代车型缩短了近15英寸，轴距缩短了8英寸，但比其凯迪拉克或Imperial的竞争对手更重。其结构和生产后的质量控制反映了福特公司管理层对质量的承诺。
1961年林肯Continental赢得了《Car Life》杂志的1961年工程卓越奖。
第四代林肯Continental由福特设计副总裁Elwood Engel设计。1958年中，林肯在与凯迪拉克的竞争中挣扎，其盈利能力不足使该部门的未来面临风险。1958年，Engel与员工Howard Payne和John Orfe一起为1961年福特Thunderbird开发了一个提案。虽然该提案未被Thunderbird选中，但其设计引起了福特高管的兴趣，以至于希望将这款车作为一款四门林肯。
在批准之时，福特产品规划者得出了两个对恢复林肯部门盈利能力至关重要的结论。首先，为了灌输设计连续性，林肯将采用与福特或水星不同的车型周期，从三年延长到八或九年。其次，1958年林肯车型线对于标准长度的轿车来说太大了；因此，1961年林肯必须减小其外部尺寸。
第四代林肯Continental基于为1961年Thunderbird生产的单体式平台加长版，从市场推出到1963年，轴距加长至123英寸。随后又延长至126英寸，并一直保持到1969年。
唯一可用的发动机是从Mark V继承而来的430立方英寸（7.0升）MEL V8。在1966年车型上，它被扩大到462立方英寸，成为福特汽车公司乘用车中使用过的最大排量发动机。到1969年，一款新发动机，即基于460立方英寸（7.5升）385系列的V8，取代了它的位置，与Continental Mark III共享。所有版本的Continental都配备了3速自动变速箱。1966年的新配置是福特的C6自动变速箱，专为大排量、高马力V8发动机设计。
在推出时，第四代林肯Continental仅作为四门车型提供，可以是轿车或敞篷车。这是自1951年以来林肯首次采用后铰链式后门（自杀式车门）。为了提醒驾驶员车门未关，林肯在仪表板上安装了“Door Ajar”警告灯，这在许多现代汽车上都能看到。通过真空操作的中央锁止系统在B柱上锁止，敞篷车使用缩短的支柱，而轿车则是“有支柱的硬顶”。在这种配置中，一个细长的B柱支撑着车顶结构，而所有四个车门都采用无框车窗玻璃，风格类似于硬顶或敞篷车；这种布局在20世纪60年代和70年代被福特汽车公司的几款轿车采用。
作为二战后美国主要制造商推出的首款四门敞篷车，林肯Continental敞篷车在所有车型上都配备了电动操作的顶篷。其机构源自福特Fairlane 500 Skyliner硬顶敞篷车，Continental配备了织物车顶，可收纳在后铰链式的行李箱盖/填充板下方。与Skyliner类似，为了存取行李箱，行李箱盖可以电动打开，而无需升起或降下车顶。
由于四门敞篷车（带有“自杀式”车门）的前后门车窗密封条重叠，要在前门关闭时打开后门，需要先将后门车窗稍微降下。这是通过传感器和继电器控制的逻辑自动完成的——当首次按下车门外部的门锁按钮或内部把手时，电动车窗会降下几英寸，然后在车门关闭时升起。
1964-1965年的一个选项是垂直可调转向柱。与大多数采用杠杆激活的锁定枢轴接头（位于方向盘正后方）的倾斜可调柱不同，林肯版本采用了真空驱动的夹钳、仪表板安装的高度指示器窗口以及更靠下的枢轴点。
在生产期间，第四代林肯Continental将生产三个版本，分别在1964年和1966年进行了车型改款。
1961年林肯Continental推出了四门轿车和四门敞篷车版本，取代了林肯Premiere和林肯Continental Mark V。这是美国制造的汽车首次提供2年/24,000英里（39,000公里）的全车质保。车门和仪表板使用了加州胡桃木贴面。
1962年，一个更简单的前格栅设计，带有浮动矩形和细长的中心条，取代了1961年厚重的、类似Thunderbird的高位保险杠。
1963年，Continental进行了几项功能更新。前座椅背经过修改，旨在增加后排腿部空间。为了增加行李空间，行李箱盖被重新塑形。与美国许多车辆一致，充电系统引入了交流发电机，取代了直流发电机。
1964年，林肯Continental进行了首次中期改款。除了造型更新外，几项功能变化主要集中在增加后排空间上。轴距从123英寸增加到126英寸，将后排座椅向后移动。车顶线条进行了几处改变，采用了平面侧窗玻璃（取代了曲面车窗玻璃）。为了增加后排头部空间，后车顶线条变得更加方正，呈阶梯背风格。
在外观上进行了轻微重新设计，为了消除“电动剃须刀”的外观，前格栅增加了垂直镀铬装饰；凹陷的后格栅被一个更简单的带装饰板的行李箱盖取代（将加油口门移到左后翼子板）。内饰完全重新设计，采用了全宽仪表板、更新的内饰图案、门板和配件。
1964年，林肯推出了Continental Town Brougham概念车，其轴距为131英寸，总长度为221.3英寸，前后车厢之间有一个可伸缩的玻璃隔断，前车厢上方有一个露天区域，呈现出典型的20世纪30年代风格的town car / brougham外观。
1965年，林肯对Continental进行了额外更新。在造型变化上，凸面的“电动剃须刀”前脸被一个更具棱角的钝头引擎盖和直立的平面格栅设计所取代。作为重新设计的一部分，前转向灯和停车灯从保险杠移到了前翼子板的环绕式灯罩上，后部也有类似的停车灯/转向灯；所有四个灯都配备了金属装饰条，以匹配新格栅的水平线条。为了提高制动能力，Continental为前轮配备了Kelsey-Hayes盘式制动器；此外，带卷收器的前座安全带成为标准配置。
1966年，第四代林肯Continental进行了第二次中期改款。为了更好地与凯迪拉克Coupe de Ville和Imperial Crown Coupe竞争，林肯推出了自1960年以来的首款双门无柱硬顶车型。敞篷车仍然仅作为四门车型提供。为了增加已有五年历史的车型系列的销量，林肯将Continental的价格比1965年降低了近600美元，同时保持设备水平不变。这一营销决策被证明是成功的；得益于双门车身风格的引入，该车型系列的销量增长了36%。
虽然很大程度上沿用了1965年的重新设计风格（1966年主要通过新格栅和在引擎盖上添加“Continental”字样来区分），但1966年林肯Continental采用了全新的车身，长度增加了5英寸（主要在后排座椅区域实施，以容纳更多腿部空间），高度和宽度也增加了近一英寸。曲面侧窗玻璃回归（倾角更不明显，以增加内部空间）。为了提供与Imperial（1966年为440立方英寸）和凯迪拉克（1968年为429立方英寸，472立方英寸）尺寸相当的发动机，430 V8被扩大到462立方英寸。
敞篷车首次进行了几项设备修订，增加了玻璃后窗，顶篷机构增加了第二个液压泵，用于打开敞篷车顶和行李箱盖（使两个系统独立）；液压电磁阀从顶篷机构中移除。内饰进行了几处修订，增加了倾斜方向盘和8轨磁带播放器作为选项。
1967年，林肯Continental仅进行了微小的装饰更新，最大的变化是移除了前翼子板上的林肯星徽。进行了一些功能更改，林肯在仪表板上增加了一些指示灯。除了机油压力警告灯外，仪表板还配备了行李箱未关和巡航控制（如果开启）的指示灯。根据联邦安全规定，腰部安全座椅安全带成为标准设备，并配备了吸能转向柱。
经过多年的销量下降，1967年标志着林肯Continental敞篷车的最后一年，仅售出2,276辆。在成为二战后销售的首款四门敞篷车之后，林肯Continental将成为美国制造商销售的最后一款（截至2018年款）此类车型。由于缺乏固定车顶需要大量车架加固，重达5,712磅（2,591公斤）的1967年林肯Continental敞篷车是福特汽车公司销售过的最重的乘用车之一。
1968年，林肯对Continental进行了几项造型更改。为了满足联邦安全标准，停车灯、尾灯和前转向灯回归到翼子板上的环绕式设计，以满足联邦侧标志灯标准。对于内饰，为外侧前排座椅增加了躯干式安全带。“Continental”字样从前脸移除，取而代之的是林肯星徽（如后部所见）；引擎盖装饰被移除，以预期联邦对该功能的禁令（该禁令从未生效）。新的460立方英寸（7.5升）福特“Lima”发动机本应在车型年初期提供，但由于仍有大量462立方英寸（7.6升）福特MEL发动机可用，460发动机在那年晚些时候才逐步引入。4月，新的Mark III作为1969年款首次亮相。总销量将下降至仅39,134辆。
1969年，在生产最后一年几乎没有变化。为了遵守联邦法规，前排座椅为外侧乘客更新了头枕。前脸进行了更新，格栅自1966年以来首次扩大，“Continental”字样重新出现在格栅上方。与Mark III共享，460 V8成为林肯Continental的唯一发动机，与福特C6 3速自动变速箱配对。
经过九年的中断，Town Car名称于1969年回归，作为Continental内饰装饰选装包的一部分。
特勤局采购了两款第四代林肯Continental，用作总统国事用车，从1961年服役到1977年。
SS-100-X是一款1961年林肯Continental豪华轿车，由俄亥俄州辛辛那提的Hess & Eisenhardt改装。最初设计为带有系列顶篷的敞篷车以应对恶劣天气，在1963年约翰·F·肯尼迪遇刺后，该车被重建为带有永久性车顶、装甲和防弹玻璃的车辆。随后，所有美国总统豪华轿车都被建造为装甲车辆。
特勤局为理查德·尼克松采购了一辆1969年林肯Continental豪华轿车；虽然是一辆装甲车，但该豪华轿车车顶设计有天窗，允许尼克松总统在车队中站在车内向人群致意。
