1.8 L（110 cu in）BP6D 发动机经过轻微修改，现在进气凸轮轴配备了可变气门正时。进气和排气系统也进行了小幅升级。这些修改使得功率输出达到 113 kW（152 bhp）（日本、英国和澳大利亚）或 107 kW（143 bhp）（仅美国）。在美国，Mazda 在早期目录中错误地引用了日本和澳大利亚车型的功率数据。Car and Driver 杂志和众多车主确认了功率缺失，Mazda 因这些误导性的功率声明而提出回购 2001 年款车辆。未接受回购提议的车主获得了道歉和保修期内的免费保养。
2003 年，Mazda 推出了 Shinsen Version（SV）Miata，以吸引更年轻的驾驶群体。Shinsen（日语意为“新鲜和新”）提供了基础车型与更昂贵的 LS 之间的中间选择。它配备了 LS 的大部分标准功能，如巡航控制和铝制刷面饰条。这款限量生产车型还采用了同年 Special Edition 的反向配色方案，钛银色外观搭配深蓝色车顶和内饰。
2003 Miata Club Sport（MCS）是 MX-5 NB 的特别版，应 SCCA 的要求生产，并在 2003 年 Miata 销售手册中重点展示。限量 50 辆，其中 25 辆为 Classic Red，另外 25 辆为 Pure White。提供硬顶或软顶选项。MCS 没有动力转向、空调或 ABS 刹车。Torsen 限滑差速器搭配 5 速 Getrag 变速箱和 Bilstein 悬挂是其他标配功能，以便车主参加 SCCA Solo 或 SCCA Road Racing 赛事。
同样在 2003 年，Mazda 日本分部推出了 Roadster Coupé，配备固定硬顶。车身结构经过重新设计以整合车顶，底盘刚度大幅提升，重量增加 10 kg（22 lb）。产量仅限 179 辆，仅在日本销售，使其成为 MX-5 中最稀有的形式之一。
