1998年夏季，Ford Windstar作为1999年早期车型发布，并进行了彻底重新设计。作为北美首批采用New Edge设计语言的Ford车型之一，此次改款还因增加了驾驶员侧滑动门而独具特色。
虽然保留了与Taurus/Sable的机械通用性，但Ford将Windstar转向了专用的底盘架构，引入了Ford V平台。多项主要功能首次亮相，包括VIN以2FMDA开头的厢式车上的前排座椅侧安全气囊、双电动滑动门以及后部倒车雷达。
在2005年JD Powers可靠性调查中，2002款Windstar是市场上最可靠的MPV，其三年使用期的表现击败了Toyota Sienna和Honda Odyssey。
1999年，Ford开始调整配置级别，这一变化将在其2000年代的多款美国市场轿车上体现。GL被取代，LX成为新的基础型号，而SE和SEL则分别作为最高配置级别首次亮相。
尽管所有版本的Windstar旅行车均配备7座布局，但LX配置的Windstar装备了第二排长座椅；SE和SEL配置的车型则配备了第二排独立座椅。
2010年8月，Ford因后轴问题自愿召回575,000辆Windstar MPV。此次召回是在美国国家公路交通安全管理局（NHTSA）于2010年5月开始调查之后进行的。NHTSA的初步评估指出，后轴梁的设计（一种倒置的“U”形通道设计）似乎为道路泥浆提供了积聚点。在使用大量道路盐的州，腐蚀会逐渐削弱车轴直至其断裂。召回涉及的州包括康涅狄格州、特拉华州、伊利诺伊州、印第安纳州、爱荷华州、肯塔基州、缅因州、马里兰州、马萨诸塞州、密歇根州、明尼苏达州、密苏里州、新罕布什尔州、新泽西州、纽约州、俄亥俄州、宾夕法尼亚州、罗德岛州、犹他州、佛蒙特州、西弗吉尼亚州和威斯康星州，以及华盛顿特区。2012年5月，来自弗吉尼亚州的27,000辆MPV被加入车轴召回，使美国和加拿大的总召回车辆数超过600,000辆。
2010年5月，在Ford召回之前，针对Ford Motor Company提起了一起集体诉讼。该诉讼由原告Aaron Martin对被告Ford Motor Company提起。诉讼中提交的文件显示，Ford于1998年3月对Benteler车轴进行的测试导致11根测试车轴中有2根失效。1998年8月，Ford确定失效原因是热处理不当。1998年9月，车轴制造商Bentley Automotive同意Ford的发现。1999年10月，Ford的内部文件显示，实验室测试证明通过热处理可使车轴寿命翻倍，但这需要初始的重新工装成本，并导致每件成本增加3.45美元。直到2003年3月才做出更改。
2011年3月，NHTSA和Ford因腐蚀问题宣布了另一次Ford Windstar召回。最初销售或目前在某些寒冷天气州注册的425,288辆1999–2003款Windstar厢式车被纳入此次召回。问题涉及副车架的锈蚀。大部分腐蚀发生在副车架的乘客侧。如果副车架在行驶中坍塌，车辆可能会完全失去转向控制并导致事故。根据NHTSA行动编号PE10026，一些Ford Windstar车主曾遇到驱动轴从变速箱脱开的情况。如果车辆不适合驾驶，Ford会为车主提供替代交通工具。如果MPV无法修复，Ford将回购车辆。
1999–2003款Ford Windstar在IIHS的评级中获得了“可接受”的评价，原因是结构性能一般、左脚中度受伤风险以及假人控制表现一般。尽管大多数重新设计的车辆在降低保险成本和驾驶员受伤风险方面优于前代，但这一代Windstar的表现不如其第一代前身。NHTSA在正面和侧面碰撞测试中均给予该MPV总体5星评级。
