首款获得 'Type R' 铭牌的 Civic 是基于第六代备受车迷喜爱的 'EK' Civic。其基础车型是日本市场专属的 Civic 三门掀背车，名为 SiR（代号 EK4）。与其姊妹车型 Integra Type R DC2/日本市场 DB8 一样，Civic SiR 通过在其基础车型上进行改造，并按照本田对于赛道高性能车型的理念进行强化，从而转变为 Type R。
首款搭载 Type R 徽章的 Civic 于 1997 年 8 月 19 日推出，代号 EK9。EK9 与 Integra Type R DC2/日本市场 DB8 共享许多特性，例如省略隔音材料和其他减重措施，搭载手工打磨端口的 1.6 升 DOHC VTEC B16B 四缸发动机、前螺旋式限滑差速器和密齿比 5 速手动变速箱。B16B 发动机拥有自然吸气发动机有史以来最高的升功率之一，其 1.6 升（1,595 cc）排量可在 8,200 转/分时输出 185 PS（136 kW；182 hp），在 7,500 转/分时输出 160 N·m（118 lb·ft）的扭矩。首次采用了战略性缝焊的单体式底盘，以提高底盘刚性。内饰配备了红色 Recaro 桶形座椅、红色车门饰板、红色 Type R 脚垫、钛合金换挡杆和 Momo 真皮包裹方向盘。EK9 仅在日本市场销售。
性能数据包括 0–97 公里/小时（0–60 英里/小时）加速时间为 6.7 秒，四分之一英里加速时间为 15.3 秒。EK9 的最高时速可达 225 公里/小时（140 英里/小时）。
1998 年，推出了 Civic Type R Motor Sports 版本。它配备了钢制轮毂、标准的灰色 EK 内饰、手动车窗、无空调，并且没有任何其他舒适性配置。
1999 年推出的 Type Rx 车型配备了 CD 播放器、车身同色可伸缩电动门镜、电动车窗、自动空调、无钥匙进入解锁系统、铝合金运动踏板和碳纤维风格中控面板。Type Rx 是 EK9 世代的最终型号。EK9 Civic Type R 的总产量为 16,000 辆。
1999 年，本田改装公司 Spoon Sports 设计了一款 Type R 的 N1 赛车版本，其 B16B 发动机的红线转速从 8,400 转/分提高到了 11,000 转/分。
