第二代 RX-7（有时被称为 "FC"，车辆识别码以 JM1FC3 或 JMZFC1 开头），在日本仍被称为 Mazda Savanna RX-7，进行了全面的重新设计，风格与当时类似的其他跑车如 Nissan 300ZX 相近。但仔细观察，它与 Porsche 944 有着惊人的相似之处。由首席项目工程师内山昭朗领导的开发团队在设计 FC 时选择以美国市场为重点，因为第一代 RX-7 的大部分销量都在那里。团队从当时流行的成功跑车中汲取灵感，例如研究了 Porsche 928 的悬挂设计。
虽然第一代 RX-7 是一款更纯粹的跑车，但第二代 RX-7 更倾向于当时较为柔和的运动旅行车趋势，与 HB 系列 Cosmo 有一些相似之处。操控性得到了很大改善，上一版本过度转向的倾向有所减轻。后部设计从 SA22 的实心后轴改进为更现代的独立后悬挂（后轴）。转向更精确，齿条齿轮转向系统取代了 SA22 的旧循环球式转向系统。盘式制动器也成为标准配置，一些型号（S4：Sport、GXL、GTU、Turbo II、Convertible；S5：GXL、GTU s、Turbo、Convertible）提供四活塞前制动器。FC RX-7 的某些型号可选装后座，但在美国市场上并不常见。马自达还在 FC 上引入了动态追踪悬挂系统。改进后的独立后悬挂采用了特殊的束角控制轮毂，能够在转弯负载下引入有限的被动后轮转向。DTSS 的工作原理是允许在正常驾驶条件下有轻微的束角外倾，但在转弯负载较重（约 0.5g 或更高）时诱导轻微的束角内倾；后轮束角外倾允许后部更灵敏地旋转，而束角内倾则允许在较重转弯时后部更稳定。另一个新功能是自动调节悬挂系统。该系统根据道路和驾驶条件改变阻尼特性，并补偿外倾角变化，提供抗点头和抗下蹲效果。
在日本，提供了一款限量版的第二代 ɛ̃fini RX-7，产量仅限于每年 600 辆。所有 ɛ̃fini 系列的一些显著特色包括：车尾的 ɛ̃fini 徽章、升级的悬挂、升级的 ECU、更高的发动机功率输出、减重、15 英寸 BBS 铝合金轮毂、ɛ̃fini 标志方向盘、空气动力学保险杠套件、青铜色车窗玻璃、乘客侧地板横杆、带进气口的铝制发动机盖以及前支柱拉杆。该车被认为是 RX-7 系列的巅峰之作（直到第三代 RX-7 推出）。Infini IV 还配备了其他特殊物品，如黑色桶形座椅、16 英寸 BBS 轮毂、膝垫以及之前提到的所有其他物品。ɛ̃fini 有不同年份，代表不同的系列。
Series I 于 1987 年推出，Series II 于 1988 年推出，Series III 于 1989 年推出，Series IV 于 1990 年推出。Series I 和 II 提供白色或黑色外观颜色，Series III 仅提供 Shade Green，Series IV 提供 Shade Green 或 Noble Green 外观颜色。各系列型号之间只有细微差别，最大的变化是 Series I 和 II 是 S4，而 Series III 和 IV 是 S5。
Turbo II 型号采用了双涡流设计的涡轮增压器，初始功率比自然吸气版本高出 25%。Turbo II 还配备了一个空对空中冷器，在发动机盖上有一个专用进气口。进气口略微偏向发动机盖左侧。在日本市场，仅提供涡轮增压发动机；自然吸气版本仅针对部分出口市场提供。这可以归因于许多西方国家的保险公司对涡轮增压汽车征收更高保费（这限制了潜在销量）。[需要引用] 日本市场车型的原始版本功率为 185 PS。
1989 年 4 月进行了一次小改款，尾灯从方形改为三个圆形灯，并对悬挂进行了其他更改，车门后视镜改为同色，前后保险杠和车身饰条、铝合金轮毂、前座椅、仪表板中部和仪表设计也进行了更改。作为 Series 5 改款的一部分，该发动机升级至 205 PS。限量版双座 ɛ̃fini 车型从 1990 年 6 月开始获得了 215 PS 的版本，这得益于升级的排气系统和高辛烷值燃料。
在完全更改为 FD 型号之前，限量版 Winning Limited 于 1991 年 9 月发布。基于 FC3S，发布了 1,000 辆最终特别版 "Winning Limited" 型号，以纪念马自达 787B 在勒芒 24 小时耐力赛中获胜。仅提供双门轿跑车身。提供标准颜色以及可选颜色，如深绿色和亮红色。
1989 年，随着改款 FC RX-7 的推出，为了纪念 RX-7 在 1980 年至 1987 年间在 IMSA GTU 组别中连续 8 次获胜，马自达推出了一款名为 GTU s 的限量型号。以轻量化的基础型号 GTU 为起点，GTU s 增加了 Turbo 型号上的项目，如四活塞前制动器、通风后制动盘、车速感应动力转向、一体式前下扰流板、Turbo 型号的布面座椅、皮革包裹方向盘、16 英寸轮毂、205/55VR 轮胎以及 GTU s 独有的 4.300 粘性限滑差速器（所有其他 FC LSD 均为 4.100）。这使得自然吸气的 13B 转子发动机加速更快。尽管有传言称马自达在 1989 年至 1990 年间生产了 100 到 1100 辆 GTU s，但马自达没有关于生产数量的官方文件。确定 GTU s 最可靠的方法是将车辆识别码带到马自达经销商处，他们可以查看车辆的内部编码是否为 GS 型号名称。
马自达于 1988 年推出了 10th Anniversary RX-7，作为基于 RX-7 Turbo II 的限量生产型号。产量限制在 1,500 辆。10th Anniversary RX-7 采用 Crystal White 单色涂装方案，搭配匹配的白色车身侧面饰条、尾灯外壳、后视镜和 16 英寸合金七辐轮毂。
10th Anniversary 型号有两个 "系列"，本质上是在两个系列之间进行了车辆识别码分割的生产变更。两个系列之间最显著的区别可以在外观上找到——较早的 "Series I" 汽车在前保险杠盖上有黑色的 "Mazda" 标志贴花，而大多数（如果不是全部）"Series II" 汽车没有这个贴花。Series II 汽车还获得了 Series I 汽车所缺乏的较低座椅坐垫高度/倾斜功能。另一个独特的外观特征是前翼子板上的亮金色转子形状 10th Anniversary Edition 徽章（Series II 汽车上是黄金色）。一个独特的 10th Anniversary 套装特色是全黑色皮革内饰，不仅包括座椅，还包括门板嵌件，以及一个皮革包裹的 MOMO 方向盘和带有集成防尘罩的 MOMO 皮革包裹换挡杆。所有外部玻璃均为青铜色，并且挡风玻璃配备了嵌入式辅助天线，该天线也出现在其他一些选装了升级音响套件的特定型号上。
其他 10th Anniversary Edition 特有物品包括大灯清洗器、工厂警报系统中添加的玻璃破碎探测器、10th Anniversary Edition 标志地板垫、10th Anniversary Edition 刺绣前发动机盖保护罩及配套的前端罩，以及一个铝制下护板。
马自达于 1987 年为日本市场推出了 RX-7 的敞篷版本 FC3C。随后于 1988 年在美国市场推出，广告由演员 James Garner 出演，他当时出现在许多马自达电视广告中。在美国市场，敞篷版仅提供自然吸气发动机，而在其他市场仅提供涡轮增压发动机。大约生产了 22,000 辆敞篷车。
敞篷车的特点是乘客上方有一个可拆卸的刚性部分和一个带有加热后玻璃窗的可折叠乙烯基后部。车顶是电动操作的，降低车顶需要解开两个顶篷锁扣，电动降低车顶，下车（或伸手到右侧锁扣），然后手动折叠刚性部分。马自达在敞篷车上首次引入了集成式挡风板，这是一个从乘客座椅后方折叠起来的刚性面板，用于阻挡不需要的气流吹向乘客——从而延长了车顶收起时的驾驶季节。敞篷车还提供可选的头枕安装音响扬声器和可折叠的皮革按扣式 tonneau 盖。敞篷车组装件经过精密设计和制造，并作为一个完整单元安装到准备好的车身总成中——这是敞篷车生产中的首创。[需要引用]
生产于 1991 年停止，马自达仅针对国内市场在 1992 年营销了最后一批限量 500 辆的车型。
Series 4 提供自然吸气、燃油喷射的 13B-VDEI 发动机，在北美规格下功率为 146 马力。可选涡轮增压型号，在美国市场称为 Turbo II，额定功率为 182 马力，扭矩为 183 磅·英尺。涡轮增压型号于 1986 年 2 月在芝加哥车展上推出，目标是占 RX-7 总销量的 20%。
Series 5 采用了更新的造型和更好的发动机管理，以及更轻的转子和更高的压缩比：自然吸气型号为 9.7:1，涡轮型号为 9.0:1。自然吸气的 Series 5 的 13B-DEI 发动机额定功率为 160 马力，而 Series 5 Turbo 在 6,500 转/分时额定功率为 200 马力，在 3,500 转/分时扭矩为 195 磅·英尺。
