1996年5月，J70系列经过改款，演变为独立的J90系列Prado。车身长度增加。设计仍保持与J70类似的中型越野风格。前悬挂改为独立设计，与Tacoma和Hilux Surf共享，由Hino制造。J90由Tahara工厂生产，提供三门短轴距和五门长轴距版本。
在日本，3门系列型号以R开头，包括RZ、RX、RS至RJ；5门系列型号以T开头，包括TZ、TX、TS至TJ。所有车型均配备前双叉臂和4连杆悬挂系统，以及全时四轮驱动。ABS和显示高度计、温度计及气压的Field Monitor是所有车型的标准配置。Field Monitor在南非市场并非标配。电视显示屏和音响系统为选装件。
汽油发动机包括2.7升（2,693 cc）3RZ-FE，以及Prado车型新增的3.4升（3,378 cc）V6 5VZ-FE。柴油发动机包括2.8升（2,776 cc）3L发动机、3.0升（2,986 cc）5L发动机和3.0升（2,982 cc）1KZ-TE。
J90还有一款豪华版本，名为Challenger。[需要引用] Challenger的特点是标配真皮座椅和仪表台木纹装饰。
1999年6月进行了小幅改动。为符合新法规，保险杠上增加了雾灯，南非市场除外。为减少盗窃，提供了发动机防盗锁止系统。TX Limited车型采用8座布局，基于TX基础版，配备车顶行李架、后视下置镜、木纹饰板、扶手、optitron仪表、基础空调以及后部加热器，被引入该系列。
2000年7月，丰田在日本推出了搭载D-4D技术的1KD-FTV 3.0升涡轮增压柴油发动机，以取代1KZ-TE。
Prado由Sofasa在哥伦比亚组装生产，从1999年持续至2009年，期间未进行重大改动。共有两个版本：搭载2.7升发动机的3门版，以及搭载3.4升V6发动机、配备5速手动或4速自动变速箱的5门版。[需要引用] 2005年至2009年间，他们还提供了5门Prado的可选防弹版本。[需要引用]
1996年Prado在英国上市时，被称为Land Cruiser Colorado，并取代了已停产的4Runner。之所以采用此名称，是为了与当时在售的更大尺寸Land Cruiser（更名为Land Cruiser Amazon）相区分。2003年，Colorado名称被取消，车型更名为Land Cruiser。在爱尔兰共和国，出于税收原因，大多数Land Cruiser作为商用车销售，后侧窗和座椅被移除。
