Suzuki 在 2008 款车型上对 GSX1300R 进行了小幅改款，包括车身造型的轻微重新设计，以及对发动机缸头、活塞和排气系统的微调。尽管发动机的改动相对有限，但仍带来了显著的马力提升，并使该车符合新的噪音和排放法规要求。
2004 年，来自美国和日本的市场研究人员开始着手分析 Hayabusa 设计中吸引众多买家的元素，他们发现，尽管其外观有时在媒体上受到贬低，但客户们对老款 Hayabusa 非常着迷。一次旨在强化摩托车外观、同时又不大幅偏离原版的重新设计，获得了经销商和焦点小组的认可。在内部结构方面，Suzuki 决定通过保留车架和发动机的主要部分不变来节省大量开发成本。这是因为工程师们确定，即使面临满足更严格的噪音和空气污染法规的要求，无需对旧发动机进行重大重新设计也能实现更大的功率提升。目标是在曲轴处产生超过 190 bhp (142 kW) 的功率，而他们最终交付了 194 hp (145 kW)，比之前的输出提高了 11% 或 12%。新款 Hayabusa 发布时，独立测试证实了这一点，在后轮测得 172.2 bhp (128.4 kW) @ 10,100 rpm。
Suzuki 的吉浦浩二 (Koji Yoshiura) 设计了新款 Hayabusa 的外观。他此前曾设计过第一代 Hayabusa，以及 Suzuki Bandit 400、RF600R、TL1000S 和 SV650。为了进行研究，吉浦浩二走遍了美国各地的摩托车之夜活动和俱乐部，亲身观察 Hayabusa 改装场景的造型美学，他不仅从 Hayabusa 改装车上获得灵感，也从 Hayabusa 骑手的外观和体格中汲取灵感。虽然第二代在整体造型上与第一代非常接近，并且很大程度上由风洞测试决定，但其上扬的线条和曲线旨在暗示一种肌肉感。吉浦浩二说：“我想创造一种阳刚的形态，以呼应骑手的肌肉结构，并暗示发达的二头肌、前臂和小腿。”
发动机的改动包括冲程增加 2 毫米，将排量扩大到 1,340 cc (82 cu in)。压缩比从 11:1 提升至 12.5:1，缸头设计得更紧凑，并采用了更轻的钛合金气门，每个进气门和排气门分别节省了 14.1 克 (0.50 oz) 和 11.7 克 (0.41 oz)。气门由带有新型液压张紧器的链条驱动。活塞减轻了 1.4 克 (0.049 oz)，并使用了离子涂层活塞环和喷丸处理的连杆。曲轴箱通风系统增加了簧片阀，以控制进气箱中的压力波，从而避免功率损失。
采用了来自 GSX-R1000 的燃油喷射器，配备更小的 44 毫米 (2 in) 节气门体，称为 Suzuki 双节气门阀 (SDTV) 系统。它提供三种可选的动力输出模式，适用于从巡航到全开高性能的多种场景。排气系统经过全面改进，采用 4-2-1-2 系统，即四个排气口汇入两根管道，然后合并成一根管道，再分成两个更大、更安静的消音器，这比第一代 Hayabusa 增加了几磅的重量。排气系统还包括一个催化转换器和一个氧传感器，以满足 Euro 3 排放要求。
悬挂系统升级为 43 毫米 Kayaba 倒立式前叉，滑管采用类金刚石碳 (DLC) 涂层。后减震器也是 Kayaba 品牌，整体悬挂比前代车型更硬。后摇臂设计与旧款相似，但经过了加强。前后悬挂均保持完全可调。变速箱配备了更耐用的滑动离合器。最终传动比略有降低，5-6 挡间距拉大，1-2 挡间距缩小。
2008 款的人体工程学和外观变化包括更高的风挡、带有数字速度表的互锁式仪表盘，以及新的档位指示器和可调换挡指示灯。整流罩紧固件被隐藏起来，以简化定制喷漆工作。双翼梁铝制车架沿用前代版本，轴距、前倾角/拖曳距和座高保持不变，而总长度增加了两英寸，更高的风挡增加了约 ½ 英寸。通过省略中央支架减轻了重量。
底盘的技术改进包括 Tokico 辐射式制动卡钳，允许使用更小的制动盘，从而降低簧下质量，带来更优的操控性。增强的前制动功率需要更坚固的下三角台。后制动卡钳移至制动盘顶部，使外观更简洁。设计了新的 17 英寸轮毂，几乎直接采用了来自 GSX-R1000 的 Bridgestone BT-015 径向轮胎。
其他变化包括带有储液罐的转向阻尼器、双冷却风扇以及更大、弯曲的散热器。由于更长的冲程导致振动增加，油箱被安装在浮动支架上。总的来说，2008 款的改动使其干重达到 490 磅 (222 公斤)，比前代重了 5 磅 (2 公斤)。
Suzuki 在一些国家放弃了 GSX1300R 的名称，简单地将这款摩托车称为 Hayabusa。
2009 年 10 月，该公司在 Santa Pod 赛道庆祝了 Hayabusa 的十周年，超过 500 名 Hayabusa 车主齐聚一堂。活动组织了多项赛事，并向参加活动的人们颁发了奖品。
除了新颜色外，直到 2011 款车型都没有任何变化。
与第二代 Hayabusa 同时，Suzuki 开发了新款 B-King，这是一款街车风格的裸车，使用相同的发动机，但配备了不同的进气和排气系统。
