Honda CR-X 于 1987 年底为 1988 款车型进行了全面重新设计。轴距整体增加了 10 厘米（4 英寸），长度增加了 3.2 英寸（81 毫米），宽度比上一代车型宽了近 2 英寸（51 毫米）。悬挂系统被彻底重新设计。Honda 放弃了前部原有的扭杆和后部带拖曳臂的整体桥，转而采用四轮双叉臂悬挂。更大的设计和改进的悬挂系统带来了操控性以及乘客和载货空间的提升，相较于上一代车型。
CR-X 在 1990 款车型上进行了小幅改款。配备 VTEC 的车型也进行了外观更新，包括更新的保险杠、车灯、引擎盖、刹车、悬挂和仪表盘设计等。此外，其中一些设计变更也被添加到了同期的非 VTEC 车型上。
日本国内市场（JDM）CR-X 的一个选装配置是玻璃车顶，这是一块固定的玻璃板，从挡风玻璃顶部延伸到掀背门开口顶部。这种配置在日本相对常见，但在其他市场则是备受追捧的车型。
在北美以外地区，第二代 CR-X 提供 1.5 升 SOHC 4 缸发动机或升级版的 1.6 升 DOHC 4 缸（ZC）发动机。大多数车型标配燃油喷射系统。欧洲/通用市场车型还提供单顶置凸轮轴 1.6 升 16 气门发动机。
1989 年 9 月，Honda 在北美以外市场为该车型系列增加了 1.6 升 16 气门 DOHC VTEC 4 缸 B16A 发动机。VTEC（可变气门正时和升程电子控制）发动机在高转速下提供更高的功率，同时在低转速下仍能保持低油耗和更好的怠速性能。B16A 在日本 SiR 车型上可产生 160 PS（118 kW；158 hp）的功率，在欧洲 1.6i-VT 车型搭载的 B16A1 上则为 150 PS（110 kW；148 hp）。CR-X 是继 Honda Integra XSi 之后第二款搭载 DOHC VTEC 发动机的汽车。
配备 1.6 升 DOHC 四缸发动机或其 VTEC 变体的 CR-X 采用了不同的引擎盖，因为双顶置凸轮轴发动机比单顶置凸轮轴发动机更高，需要额外的引擎盖间隙。1.6 升 DOHC 发动机仅比 1.6 升 SOHC 发动机略高，需要一个一侧带有凸起的不同引擎盖，以提供清除凸轮齿轮盖所需的额外间隙。配备 1.6 升 DOHC VTEC 4 缸发动机的车型，其引擎盖在发动机舱的大部分区域都进行了抬高，为更高的发动机提供额外的整体间隙。
在一些左舵欧洲市场，还可以选择 D14A1 发动机，该发动机配备双化油器，并提供四速自动变速箱。
防抱死制动系统在日本 SiR 车型上是选装配置，在英国 1.6i-VT 车型上是标配，但在左舵欧洲 1.6i-VT 车型上从未提供。
在美国，提供三种不同的配置级别：标准版（无标签，有时称为 "DX"），配备 1.5 升 16 气门双点燃油喷射 4 缸 D15B2 发动机；HF（"高燃油效率"）车型，配备 1.5 升 8 气门多点燃油喷射（MPFI）4 缸 D15B6 发动机；或 Si（运动喷射）车型，配备 1.6 升 16 气门 MPFI 4 编 D16A6 发动机。基础车型可选 5 速手动变速箱或 4 速自动变速箱，而 HF 和 Si 仅提供 5 速手动变速箱。所有第二代车型在后部进行的一项改装是，在车辆后部尾灯上方的上半部分安装了一块带有严重纹理的黑色玻璃板，这有助于改善后方视野。
空调在所有车型上都是经销商安装的选装配置。Si 车型配备电动滑动天窗、后雨刷和 14 英寸合金轮毂。在底盘方面，Si 车型配备了后防倾杆以及可变齿比齿轮齿条式转向系统。90-91 年款的 Si 车型采用四轮盘式制动器，而非前盘后鼓式制动器。
每个车型年份共提供六种颜色。CRX 和 CRX Si 有四种颜色选项，CRX HF 有两种颜色选项。颜色可用性会根据配置包而变化，内饰颜色则取决于外观颜色的选择。[ citation needed ]
