BMW于2006年11月推出了全新第二代Hardtop/Hatch Mini车型，该车型基于重新设计的平台，融入了众多造型与工程变革。它采用Prince发动机，其架构与PSA Peugeot Citroën共享，旨在实现更高的成本效益和燃油经济性，并在英国沃里克郡的BMW Hams Hall发动机工厂制造。工程设计由BMW集团英国工程部在英国完成，部分工作在德国慕尼黑的BMW集团总部进行，同时BMW集团还聘请了位于都灵的Italdesign Giugiaro（IDG）来协调工程工作，包括新Mini的车身、结构和底盘的开发与验证。牛津工厂装配流程中受影响区域的关键生产人员被借调至IDG，以确保新车型顺利整合回牛津工厂。
该车型最初以Cooper和Cooper S配置级别推出；2007年，Mk II Mini One的加入完善了产品线。2009年，增加了一款名为First的经济型版本。自2007年4月起，提供Cooper D标识的柴油版本，2010年补充了功率更低的One D，2011年1月则推出了新的2.0升柴油版Cooper SD。
第二代车型于2007年2月24日在日本的BMW经销点上市，并继续符合日本政府的尺寸法规，这支持了掀背车和敞篷车的销售。
第二代敞篷版在底特律车展和日内瓦车展上亮相，作为2009款车型（首次销售日期为2009年3月28日）。该车型配备了一个名为“Openometer”的装置，用于记录车辆在车顶收起状态下运行的分钟数。
尽管Mk II外观熟悉，但新车的每个面板都与前代车型不同。新的行人碰撞安全要求导致总长度增加了60毫米（2.4英寸），引擎盖被抬高，以便在碰撞时为前端提供更多溃缩空间。此外，指示灯被上移，集成在前大灯单元中。前大灯单元现在固定在前翼子板内，而非像之前那样与蛤壳式引擎盖集成，因此它们不再随引擎盖开启而抬起。这是美国法律的要求，规定所有重要照明设备此后必须安装在车辆的固定、不可移动部件上。
该车拥有重新设计的格栅和更大的后灯组。Cooper S保留了引擎盖进气口，以保持与前代车型的关联——尽管中冷器移至发动机前方意味着该进气口现在纯属装饰。此外，Cooper S的电池不再位于行李箱地板下方，而是移至引擎盖下更常规的位置。C柱不再包裹在玻璃中，其形状经过优化以改善空气动力学性能并减少车尾积污倾向。针对后排腿部空间不足的广泛批评，Mini通过在前座椅靠背设计凹陷区域为后排乘客增加了更多空间。发动机启动按钮取代了传统的点火钥匙，并且通过可选的“舒适进入”功能，当钥匙靠近车辆时，可通过门把手上的按钮解锁车辆。
2010年8月，针对2011款车型，Mini Hatch进行了Mini称之为“生命周期脉冲”（LCI）的更新——即通常所说的改款。前保险杠和雾灯经过重新设计以改善行人保护，侧标志灯和后保险杠也进行了重新设计。尾灯也进行了更新，采用同心圆设计。内饰通过一些材料升级得到提升，旨在营造更柔软、更少生硬感的体验。
Cooper和Cooper S车型提供新的后轴和铝制部件以减轻车重；并为两种车型提供包含更硬弹簧、减震器和防倾杆的运动套件选项。另一个关键区别是引入了升级的电动助力转向系统，其灵敏度可通过按下换挡杆前方的“运动”按钮（自动和手动挡均可）来增强；此外，“运动”按钮还调整油门响应，并与自动变速箱配合时，允许发动机在换挡前几乎达到红线转速。
在Cooper车型中，W11 Tritec四缸发动机被一台120 PS（88 kW）的1.6升Prince发动机取代，该发动机集成了BMW的Valvetronic无级可变气门升程技术，基于标致的核心发动机开发。路试报告称，该车0-100公里/小时加速时间为9.1秒（0-60英里/小时：8.5秒），最高时速为201公里/小时（125英里/小时）。综合工况油耗为每英制加仑48.7英里（5.80升/100公里；40.6 mpg - 美制），提升了近每英制加仑8英里（6.7 mpg - 美制）。更强大的175 PS（129 kW）Cooper S为提升效率，用新的双涡管涡轮增压N14 DOHC发动机取代了机械增压器，并采用汽油直喷；因此，该发动机版本没有Valvetronic。该发动机还具有“超增压”功能，在急加速时可暂时将扭矩提高20 N⋅m（15 lbf⋅ft）。因此，0-100公里/小时加速时间为7.1秒（0-60英里/小时：6.7秒），最高时速为230公里/小时（140英里/小时）。其燃油经济性与Cooper相似，综合工况油耗为40.9 mpg - 英制（6.91升/100公里；34.1 mpg - 美制）。两款发动机均可匹配6速手动或自动变速箱。涡轮增压发动机与Peugeot 207 GTi/RC中的发动机相同（尽管有一些法国工程修改）。
2011年，Peugeot DV6（Ford DLD-416）发动机被1.6升和2.0升BMW N47柴油发动机取代。
所有配备可选动态稳定控制系统（DSC）的Mk II车型还包含“坡道辅助”功能，该功能在驾驶员松开刹车踏板后保持刹车2秒，防止车辆在斜坡上溜车，使驾驶员有时间踩下油门踏板而不会车辆下溜。DSC还包含液压紧急制动辅助（EBA），而非无DSC的Mini上的机械系统。自2008年9月起，DSC成为所有Mini的标配。
Mk II的内饰呼应了早期车型的风格，但实际上是一次彻底的重新设计。新车的行李箱增加了10升（2.2英制加仑；2.6美制加仑）的载货空间。仪表也经过重新设计，仪表指针罩变得更小、更圆，并在改款前（pre-LCI）车型的速度表下方增加了一个用于显示收音机文本的小条，而改款后（LCI）车型则拥有更大的信息娱乐屏幕，速度表集成在该屏幕周围。其他设计上的变化——无论是可见的还是不可见的——都有助于Mini最近在Euro NCAP测试中获得五星评级。一个例子是更高的前引擎盖，现在符合欧洲行人碰撞法规。
德国汽车俱乐部（ADAC）于2010年5月发布的故障统计数据显示，Mini在0至4年车龄的小型车类别中故障率最低，略胜于Ford Fusion和Mitsubishi Colt。
Mk II系列以One、Cooper和Cooper S衍生车型推出。2009年7月，在原版车型推出50年后，增加了一款名为Mini First的新经济型版本。其基础建议零售价为10,950英镑，配备与One相似但功率更低的1.4升75 PS（55 kW）发动机，但不提供自动挡选项。2010年，1.4升发动机被1.6升版本取代，输出功率同为75 PS。First通过包含Mini Minimalism技术，抢先于One Minimalism的发布。2010年1月，Mini One Minimalism发布，根据市场提供两种调校版本：（75 PS（55 kW）和98 PS（72 kW））。该车型被宣传为更环保的选择，每公里二氧化碳（CO2）排放量低至119克（4.2盎司），得益于低阻力轮胎和齐平轮毂盖，并包含了之前Mini One所没有的Minimalism技术。2011年春季，推出了新的柴油版Mini Cooper SD。它配备新的四缸2.0升涡轮增压柴油发动机，输出功率为145 PS（107 kW），最大扭矩为305 N⋅m（225 lbf⋅ft），转速范围在1,750至2,700 rpm之间。
2011年和2012年，Mini Mk II系列分别扩展了双门轿跑车（如2009年首次展示的车型）和敞篷跑车车型。两者均为严格的双座车型，这是BMW Mini的首次尝试，源自Mini敞篷版。[需要引用] 敞篷跑车的软顶可手动或电动操作，具体取决于市场。
Mini John Cooper Works Challenge是一款专为赛事打造的赛车，基于R56 Hardtop，由位于慕尼黑的BMW Motorsport工厂制造。Challenge于2007年在法兰克福IAA车展上亮相。
BMW Motorsport工厂多年来一直负责制造一级方程式赛车和欧洲房车赛赛车。R56 Challenge配备六速手动变速箱；17英寸Borbet轮毂配Dunlop控制光头赛车轮胎；John Cooper Works空气动力学套件，包括前唇、后扩散器和高下压力可调尾翼；赛事专用AP Racing ABS制动系统；KW悬挂回弹；高度和倾角可调绞牙悬挂；全防滚架；Recaro桶形座椅配六点式安全带；HANS装置；Sparco赛车方向盘；气动千斤顶系统；以及全电子灭火系统。
该车配备一台1.6升双涡管涡轮增压发动机，在6,000 rpm时输出155 kW（211 PS；208 hp），扭矩为261 N⋅m（193 lb⋅ft）。0-100公里/小时（62英里/小时）加速时间据称为6.1秒，100-0公里/小时制动时间为3.1秒。
该车用于澳大利亚Mini Challenge、ADAC赛事以及英国、意大利和瑞士的锦标赛等活动。Robbie Davis赢得了2013年Pirelli World Challenge。
这些车型大致基于John Cooper Works（JCW）Challenge赛车，本质上是配备更高功率发动机的Cooper S车型；低背压排气系统；更硬的运动悬挂；17英寸轻质合金轮毂配低扁平比高性能轮胎；Brembo高性能制动器；以及BMW的动态稳定控制系统（DSC）和带电子差速锁控制（EDLC）的动态牵引力控制系统（DTC）作为标准装备。所有JCW车型仅提供特定的Getrag 6速手动变速箱，并带有独特的“John Cooper Works”标识，取代了普通的“Cooper S”标识。JCW车辆也是工厂制造的，这进一步区别于早期配备任何可选John Cooper Works配件（发动机和悬挂升级、空气动力学套件等）的经销商安装的Mk II Cooper S车型。所有JCW车型达到与Cooper S对应车型相同的EPA燃油经济性评级。
该发动机额定功率为211 PS（155 kW；208 hp），扭矩为261 N⋅m（193 lb⋅ft）；在重负荷加速下，发动机自动将扭矩输出提升至峰值279 N⋅m（206 lb⋅ft）。这些数据是通过将压缩比降低至10.0:1，并将增压值从0.9 bar（13 psi）提高到1.3 bar（19 psi）（与Cooper S中使用的涡轮增压发动机相比）实现的。据Mini称，JCW Hardtop的0-97公里/小时（0-60英里/小时）加速时间为6.2秒，JCW Clubman为6.5秒；两款车辆的最高时速均为237公里/小时（147英里/小时）。
JCW变体于2008年日内瓦车展上亮相，作为2009款车型。七辆赛车参加了2011年纽博格林24小时耐力赛，获得组别第四名，总成绩第34名。2012年，Partl Motorsport车队凭借其耐力赛MINI获得组别第二名，总成绩第41名。
BMW MINI拉力越野锦标赛是一项单一品牌系列赛，是英国拉力越野锦标赛的支持赛事。
这是一款限量版（最初计划生产250辆，后增至500辆，包括在英国交付的100辆和在美国交付的50辆）的John Cooper Works Hardtop。它纪念了Cooper车手Jack Brabham在1959年世界车手锦标赛中的胜利以及Cooper在1959年国际F1制造商杯中的胜利50周年。
量产车的灵感来自John Cooper的儿子Mike。它包括John Cooper Works空气动力学套件；Jet Black配色的John Cooper Works Cross Spoke Challenge轻质合金轮毂；特定的车身颜色（Connaught Green车身配Pepper White车顶和引擎盖条纹）、碳纤维引擎盖进气口、后扩散器、外后视镜盖和尾门把手；以及特定的内饰配色方案（Carbon Black内饰配红色膝垫、扶手以及地板垫、换挡杆和手刹护套上的红色缝线）。John Cooper的签名由“John” Michael Cooper提供。
该车于2009年在银石举行的Mini United Festival上亮相。
Mini John Cooper Works GP是一款限量生产2000辆的车型。GP是一款注重公路和赛道性能的高性能版本，也是在新Mini变体到来之前的庆祝之作。
GP具有额外的性能，配备更大的涡轮和发动机内部部件，在6000 rpm时输出218 PS（215 bhp；160 kW），在2000-5100 rpm时输出280 N⋅m（207 lbf⋅ft）的扭矩；配备由Brembo开发的更大前制动器，带6活塞卡钳；由Mini和Bilstein开发的绞牙悬挂；轻量化17" x 7.5"轮毂；由锦湖专门为GP开发的半热熔轮胎；后扩散器和碳纤维凯夫拉平底护板；碳纤维后扰流板；“GP模式”牵引力控制系统；通过移除后排座椅并为驾驶员和前排乘客安装Recaro运动座椅来减轻重量。
造型特点包括引擎盖、车顶和门板上的特定贴花，行李箱盖上的GP标识。内饰包括新的换挡杆、带红色缝线的皮革、后上支撑杆（非结构性）和仪表板上的GP标识。
所有2000辆均以相同规格生产，新车唯一的选装项是全天候轮胎，而非锦湖开发的半热熔轮胎。该车型存在左舵和右舵版本。
生产特别限量版Mini的传统也在新Mini上得以延续。例如，Mini Monte Carlo是为了纪念老款Mini Cooper Monte Carlo，后者本身是一款限量版Mini，以庆祝Paddy Hopkirk在首次获胜30年后重返蒙特卡洛拉力赛。
为庆祝Mini诞生50周年，2009年推出了两款车型：Mini 50 Mayfair和Mini 50 Camden。
同样从2009年起，亚洲和欧洲市场提供了热致变色、被称为“变色龙”的油漆。
在2012年伦敦奥运会上，一套四分之一比例的遥控Mini通过天窗将投掷器材装载到车内，然后传递给运动员。
为纪念Mini作为英国队（Team GB）的官方合作伙伴，推出了一款奥运主题特别限量版Mini Cooper，其白色车顶印有2012年伦敦奥运会徽，仪表板上印有伦敦天际线。同时还推出了另外两款特别版Mini：Bayswater特别版和Baker Street特别版。
