2006年2月，Porsche发布了第二代GT3，即通常被称为997.1 GT3的997车型。除了全新的305 kW (415 PS) 3.6升水平对置六缸发动机外，该车还采用了"零升力"空气动力学设计，意味着车辆仅产生空气动力学下压力，而不会产生削弱抓地力、使车辆向上离开路面的"升力"。GT3采用了经过改装、面向赛道的Porsche主动PASM悬挂系统，使其成为Porsche RS或GT3系列中首款配备电子可调悬挂系统的车型。此外，还可选装导航系统和Porsche的"运动计时"仪表套件。该车于2006年夏季上市销售。在美国共售出917辆，在加拿大售出46辆。
997 GT3的官方0–97 km/h (0–60 mph)加速时间为4.1秒，最高时速为311 km/h (193 mph)。《Road and Track》杂志实测达到了3.8秒的0–97 km/h (0–60 mph)加速成绩。2006年，Porsche的官方试车手Walter Röhrl驾驶997 GT3在纽博格林北环赛道跑出了7分42秒的成绩。
