Issigonis的朋友John Cooper，Cooper Car Company的老板兼一级方程式赛车的设计者和制造者，看到了Mini在竞赛方面的潜力。Issigonis最初不愿让Mini扮演性能车的角色，但在John Cooper向BMC管理层呼吁后，两人合作打造了Mini Cooper。Austin Mini Cooper和Morris Mini Cooper于1961年9月首次亮相。
Morris Mini-Minor的848 cc（51.7立方英寸）发动机通过加长冲程，将排量提升至997 cc（60.8立方英寸），功率从34马力（25千瓦）增加到55马力（41千瓦）。该车配备了经过赛车调校的发动机、双SU化油器、更密齿比的变速箱和前盘式制动器，这在当时的小型车中并不常见。管理层委托生产了一千辆此版本，旨在满足并设计符合Group 2拉力赛的认证规则。1964年，997 cc发动机被一款冲程更短的998 cc发动机取代。1962年，罗得西亚车手John Love驾驶一辆Mini Cooper，成为首位赢得英国房车锦标赛的非英国籍赛车手。
一款更强大的Mini Cooper，被称为“S”，同步开发并于1963年发布。它配备了一台1071 cc发动机，缸径70.61毫米，采用氮化钢曲轴和强化的底部结构以允许进一步调校；并配备了更大的伺服辅助盘式制动器。在1964年8月车型更新之前，共生产并销售了4,030辆Cooper S。Cooper还专门为赛道竞赛生产了两款S车型，分别针对1000 cc以下和1300 cc以下级别，额定排量为970 cc（59立方英寸）和1275 cc（77.8立方英寸），两者缸径均为70.61毫米（2.780英寸），并且也都向公众发售。从1966年起，Cooper S车型标配双油箱。较小排量的车型反响不佳，仅生产了963辆，该车型于1965年停产。1275 cc的Cooper S车型则持续生产至1971年。
Mini Cooper的销量如下：64,000辆搭载997 cc或998 cc发动机的Mark I Cooper；19,000辆搭载970 cc、1,071 cc或1,275 cc发动机的Mark I Cooper S；16,000辆搭载998 cc发动机的Mark II Cooper；6,300辆搭载1,275 cc发动机的Mark II Cooper S。没有Mark III Cooper，但有1,570辆Mark III Cooper S。
1959年，BMC与Innocenti宣布达成协议，为意大利市场组装BMC制造的汽车。首批Mini Cooper于米兰组装，使用进口的散件套件，Innocenti Mini Cooper 1300的销售于1966年3月开始。1973年，该车型授权给西班牙的Authi（Automoviles de Turismo Hispano-Ingleses），后者开始生产Authi Mini Cooper 1300。此时，Cooper名称从英国Mini系列中停用。
一款名为RSP（Rover Special Products）的新Mini Cooper于1990-91年短暂重新推出，其性能略低于1960年代的Cooper。它证明很受欢迎，一款带有Cooper标识的新Mini于1991年底投入全面生产。为满足排放标准，1992年起的Cooper配备了燃油喷射版的1275 cc发动机，1997年引入了多点燃油喷射发动机，同时配备了前置散热器和各种安全改进。麦当娜在2003年表示：“我爱我的Mini Cooper。我在伦敦不敢开大车。”
